SÃO PAULO - A primeira fase é  disputada no sistema de pontos corridos, com jogos em turno único. Os quatro melhores colocados avançam às semifinais.

As semifinais são disputadas em mata-mata com partidas de ida-e-volta. O primeiro colocado enfrenta o quarto colocado, já o segundo pega o terceiro colocado. O time que fez a melhor campanha na 1ª fase faz a segunda partida como mandante.

Finalíssima.  Os vencedores da semifinal fazem a final também com partidas de ida-e-volta.

Troféu Campeão do Interior. As equipes que terminarem a primeira fase entre o quinto e oitavo lugares entram na disputa do Troféu Campeão do Interior. Porém, mesmo que times da capital de São Paulo e o Santos terminem  nestas posições, não podem participar desta disputa. Caso uma delas fique entre 5º e 8º, os times interioranos subsequentes na tabela se classificam para a competição.

Rebaixamento. As quatro equipes de pior campanha na primeira fase caem para a Série A-2 em 2010, enquanto os quatro melhores da A-2 2009 jogam na elite no ano seguinte.